中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院西苑醫(yī)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所前身是成立于1974年的西苑醫(yī)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究室，2013年由研究室更名為研究所。已故的李連達(dá)院士為該所的奠基人、原學(xué)術(shù)帶頭人，劉建勛首席研究員為學(xué)術(shù)帶頭人。該所是一個(gè)以心腦血管疾病、神經(jīng)退行性疾病、糖尿病及并發(fā)癥等疾病為研究對(duì)象，涵蓋中藥藥理學(xué)、中藥化學(xué)、中藥藥代動(dòng)力學(xué)、分子生物學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)等多個(gè)學(xué)科的綜合性應(yīng)用基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所。該所現(xiàn)有科研人員50人，其中岐黃學(xué)者1人，岐黃工程首席科學(xué)家1名，中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院首席研究員3名，高級(jí)職稱27人，博士生導(dǎo)師4名，碩士生導(dǎo)師16名，是中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。

該所擁有國(guó)家科技部規(guī)范化中藥藥理實(shí)驗(yàn)室；國(guó)家科技部國(guó)家級(jí)聯(lián)合研究中心；國(guó)家中醫(yī)藥管理局中藥藥理重點(diǎn)學(xué)科；國(guó)家中醫(yī)藥管理局中藥藥理、中藥化學(xué)與中藥藥代三級(jí)實(shí)驗(yàn)室；國(guó)家中醫(yī)藥管理局中藥藥效評(píng)價(jià)方法學(xué)重點(diǎn)研究室；北京市中藥藥理重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室；中醫(yī)藥研究北京市國(guó)際科技合作基地；中澳國(guó)際中醫(yī)藥研發(fā)中心；西苑-神威中藥新藥研發(fā)中心；中國(guó)生物技術(shù)外包服務(wù)聯(lián)盟（ABO）成員。設(shè)有中藥學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合博士后流動(dòng)站點(diǎn)和博士、碩士培養(yǎng)點(diǎn)。該所在病證結(jié)合動(dòng)物模型、中藥復(fù)方功效評(píng)價(jià)、中藥功效物質(zhì)基礎(chǔ)、中藥新藥研發(fā)及中醫(yī)藥國(guó)際化等方面作出了突出貢獻(xiàn)。共承擔(dān)國(guó)家攻關(guān)課題、國(guó)家自然科學(xué)基金課題、國(guó)家重大新藥創(chuàng)制課題、973、863等國(guó)家級(jí)課題72項(xiàng)，省部級(jí)課題30項(xiàng)，中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院課題34項(xiàng)，科研成果轉(zhuǎn)化直接經(jīng)濟(jì)效益達(dá)數(shù)億元；獲國(guó)內(nèi)外專利21項(xiàng)；獲得臨床批件27個(gè)，新藥證書11個(gè)；近五年發(fā)表論文311篇，其中SCI收錄論文68篇；主編和參編著作15部；近五年培養(yǎng)碩、博士研究生及博士后54人；先后獲得國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)1項(xiàng)，二等獎(jiǎng)2項(xiàng)，省部級(jí)一等獎(jiǎng)8項(xiàng)。